Γιος του Jasper Arryn και αδερφός των Ronnel και Alys. Ο Jon ήταν Φύλακας των Πυλών του Φεγγαριού ενώ ζούσε ο πατέρας του και μετά έδωσε την θέση στον αδερφό του Ronnel και αργότερα στον ξάδερφο του Denys.
Ο Jon Arryn είχε παντρευτεί τρεις φορές, πρώτα με την Jeyne Royce και στη συνέχεια με την ξαδέρφη του Rowena Arryn. Κανένας από τους γάμους του δεν είχε απογόνους. Επειδή ο ίδιος δεν είχε παιδιά είχε ορίσει μια σειρά από κληρονόμους οι οποίοι έχασαν τη ζωή τους ο ένας μετά τον άλλο. Πρώτα τον ανιψιό του Elbert Arryn, γιο του Ronnel. Μετά την εκτέλεση του Elbert από τον Aerys II, ο Denys Arryn έγινε κληρονόμος. Σκοτώθηκε στη μάχη των Κωδώνων.
Κατά τη διάρκεια της εξέγερσης, ο Jon παντρεύτηκε για τρίτη φορά την Lysa Tully, κόρη του Hoster Tully. Ο γάμος τους δεν ήταν ευτυχισμένος. Η Lysa έβρισκε τον Jon πολύ γέρο και μισούσε την κακή αναπνοή του. Μετά από αρκετές αποβολές η Lysa έδωσε στον Jon ένα ασθενικό γιο και κληρονόμο, τον Robin (Robert στα βιβλία).
Ο Jon φιλοξενούσε στην Κοιλάδα τους Eddard Stark και Robert Baratheon. Καθώς μεγάλωναν τα δύο αγόρια έγιναν στενοί σύντροφοι και θεωρούσαν τον Jon ως δεύτερο πατέρα τους. Μετά την απαίτηση του Aerys II να τους παραδώσει για πιθανή εκτέλεση, ο Jon αρνήθηκε και συμμετείχε στην εξέγερση. Μετά τη μάχη στο Gulltown όπου ήρθε αντιμέτωπος με αρκετούς άρχοντες που αντιστάθηκαν στην εξέγερση, ο Jon πολέμησε στη Μάχη των Κωδώνων και στη Μάχη της Τρίαινας. Κατά τη διάρκεια του πολέμου και στην ίδια τελετή κατά την οποία παντρεύτηκαν οι Eddard Stark και Catelyn Tully, παντρεύτηκε κι αυτός με την Lysa Tully για να κερδίσει την υποστήριξη του πατέρα της και να προσπαθήσει να εξασφαλίσει έναν κληρονόμο.
Κατά την Άλωση του King's Landing σκοτώθηκαν ο βασιλιάς Aerys και η σύζυγος και τα παιδιά του πρίγκιπα Rhaegar. Ο Eddard Stark είχε συγκλονιστεί από την κτηνωδία των πράξεων αλλά το μίσος του Robert για τους Targaryen έκανε τις δολοφονίες να θεωρούνταν απαραίτητες, δημιουργώντας μια προσωρινή ρήξη μεταξύ των δύο που ακόμη κι ο Jon δεν μπόρεσε να γεφυρώσει. Όταν ο Robert Baratheon ανέβηκε στο Θρόνο διόρισε τον Jon ως Χέρι του Βασιλιά.
Το πρώτο καθήκον του Jon όταν ανέλαβε τη θέση ήταν η ειρήνη με το Dorne. Το Dorne εξοργίστηκε από το θάνατο των Lewyn και Elia Martell κατά τη διάρκεια του πολέμου. Ο Oberyn Martell προσπάθησε να στηρίξει τον επιζήσαντα Viserys Targaryen. Σε απάντηση, ο Jon επέστρεψε τα οστά του Lewyn και ήταν σε θέση να επιτύχει ειρήνη με τον Doran Martell. Ωστόσο οι ιππότες Gregor Clegane και Amory Lorch που έμειναν ατιμώρητοι δημιούργησαν ένα χάσμα μεταξύ του Θρόνου και του Dorne.
Για να ενισχυθεί η θέση του Robert στο θρόνο, ο Jon διαπραγματεύτηκε τον γάμο του με την Cersei Lannister και ενημέρωσε ότι θα διατηρούσε τον αδερφό της Jaime στην Βασιλική Φρουρά, σε αντίθεση με τον Eddard Stark ο οποίος πρότεινε την αποστολή του Jaime στο Τείχος για τη δολοφονία του βασιλιά Aerys. Ο Robert ζητούσε επίσης τη δολοφονία των Viserys και Daenerys Targaryen αλλά ο Jon τον απέτρεψε.
Ο Robert άφησε στον Jon με ένα μεγάλο μέρος της ευθύνης για τη λειτουργία των Επτά Βασιλείων αλλά ούτε ο ίδιος δεν μπόρεσε να σταματήσει τον βασιλιά από την δαπάνη τεράστιων ποσών για τουρνουά, βάζοντας τη χώρα σε κατάσταση χρεών. Ενώ υπηρετούσε ως Χέρι, ο Nestor Royce διοικούσε την Κοιλάδα ως High Steward.
Εν αγνοία του Jon, η σύζυγός του και ο Petyr Baelish διατηρούσαν μια σχέση από τα νεανικά τους χρόνια. Κανόνισε να πάρει ο Petyr την πρώτη του θέση και στη συνέχεια έπεισε τον σύζυγό της να φέρει τον εραστή της στην αυλή του King's Landing. Ο Petyr έγινε Master of Coin.
 |
| Game of Thrones,HBO |
Ο Stannis Baratheon άρχισε να υποψιάζεται ότι τα παιδιά της Cersei ήταν του αδελφού της Jaime, πράγμα που έκανε τον Stannis κληρονόμο του Robert. Εκφράζοντας την ανησυχία ότι μια τέτοια πρόταση προερχόμενη από αυτόν θα μπορούσε να θεωρηθεί ως κίνητρο από τις δικές του φιλοδοξίες, ο Stannis έθεσε το θέμα στον Jon Arryn.
Οι δυο τους άρχισαν να ερευνούν το θέμα κρυφά, ψάχνοντας τα νόθα παιδιά του Robert. Μαζί επισκέφθηκαν το οπλοστάσιο του Tobho Mott όπου εργαζόταν ο Gendry, ο οποίος είχε εντυπωσιακή ομοιότητα με τον πατέρα του. Επισκέφθηκαν επίσης το πορνείο της Chataya, όπου ο Robert ήταν πατέρας ενός κοριτσιού της Barra, που επίσης είχε τα χαρακτηριστικά του βασιλιά. Η αυξημένη επαφή με τον Stannis οδήγησε στον προγραμματισμό του να σταλεί ο γιος του Jon ως προστατευόμενος του Stannis στο Dragonstone.
Ο Jon επεδίωκε μια ακόμη απόδειξη ότι τα παιδιά της Cersei δεν θα μπορούσαν να είναι του Robert στο βιβλίο του Μεγάλου Maester Malleon, The Lineages and Histories of the Great Houses of the Seven Kingdoms (Οι καταγωγές και Ιστορίες των Μεγάλων Οίκων των Επτά Βασιλείων), το οποίο δανείστηκε από τον Maester Pycelle. Το βιβλίο τον διαφώτισε όπως έγινε αργότερα και με τον Eddard Stark. Κάθε φορά που τα μέλη των οίκων Lannister και Baratheon παντρευόταν οι απόγονοι τους έφεραν σαφή χαρακτηριστικά των Baratheon, σε αντίθεση με τα παιδιά της Cersei (Joffrey, Myrcella και Tommen).
Η έρευνα του Jon έγινε γνωστή σε έναν αριθμό ανθρώπων στην αυλή, συμπεριλαμβανομένων των Pycelle, Varys, Cersei και Petyr Baelish. Η Cersei θεώρησε τον Jon απειλή για το σχέδιο της και τη θέση του γιου της Joffrey στο θρόνο. Ο Pycelle πίστευε ότι ο Jon ήταν έτοιμος να στείλει τη σύζυγό του στο Eyrie και τον γιο του στο Dragonstone. Ο Varys είδε την ζωή του Jon να κινδυνεύει και τον παρακάλεσε να προσλάβει έναν δοκιμαστή αλλά ο Jon απέρριψε την ιδέα ότι κάποιος θα προσπαθούσε να τον δηλητηριάσει.
 |
| Game of Thrones,HBO |
Ο Jon, αν και θεωρούνταν υγιής για την ηλικία του, αρρώστησε ξαφνικά ένα βράδυ. Ο Maester του Jon Colemon, προσπάθησε να θεραπεύσει τον πονόκοιλο του ανεπιτυχώς. Ο ετοιμοθάνατος Jon αναφέρονταν συνεχώς στο όνομα Robert και τα τελευταία του λόγια προς τη σύζυγό του και τον βασιλιά Robert ήταν «Ο σπόρος είναι δυνατός». Η Lysa πίστευε πως αναφερόταν στον δικό τους γιο αλλά πιο πιθανό ήταν ότι ο Jon Arryn αναφερόταν σε όσα είχε μάθει για την καταγωγή Baratheon ενώ μελετούσε το βιβλίο του Maester Malleon. Μετά η ομιλία του έγινε πολύ μπερδεμένη για να κατανοηθεί και πέθανε το επόμενο πρωί.
Μετά το θάνατο του Jon Arryn ο Robert πρότεινε στην Lysa να στείλουν το γιο της στο Casterly Rock αλλά η Lysa αρνήθηκε την πρόταση και έφυγε κρυφά με το παιδί στην Κοιλάδα των Arryn.